De acordo com Lindomar, a PEC 412/09 confunde a independência da atividade policial e da investigação criminal com a autonomia institucional Polícia Federal. “A autonomia do órgão - que passaria a ser uma instituição armada independente - viola o sistema constitucional brasileiro e não encontra semelhança no direito comparado e em qualquer das democracias modernas", afirmou o promotor de Justiça.
Segundo Lindomar, a PEC 412/09 fere o Princípio Republicano e a Separação de Poderes, já que esvazia o Poder Executivo ao retirar a condução de políticas públicas de segurança, além de legitimar o uso da força policial sem qualquer respaldo democrático. “[A autonomia da Polícia Federal] proposta pela PEC 412/09 não aprimora o sistema constitucional, e torna o órgão uma verdadeira instituição armada sem qualquer controle popular do exercício da força”, disse o representante da CONAMP.